De toekomst van Equestria staat op het spel wanneer Storm King het kasteel Canterlot binnenvalt en de magie van de pony’s dreigt te stelen. In een onvergetelijk avontuur beginnen de pony’s samen met nieuwe vrienden aan een spannende reis die hen voor het eerst buiten de muren van hun bekende wereld brengt. 

Op zoek naar hulp om Equestria te redden, komen de pony’s in aanraking met magische bergen, onderzeese werelden en zelfs een vliegend piratenschip.